JOCA在过去一直按照自己的标准对产品进行认证，拒绝GOTS(全球有机纺织品标准)，同时他们也提供自用的标示。但随着国际化的要求，日本JOCA越来越不适应国际市场的要求，而国际权威认证机构GOTS颁发质量认证日益深入人心，GOTS已拥有相当的世界地位。GOTS的核心就在于能确保有机纺织品从收获原材料、加工以及最后的产品包装全部低碳环保，符合企业社会责任方式生产，以确保给终端消费者带来可信赖的产品。
日本所有原棉都依赖进口，JOCA一再强调要注明出产国。同时，它也负责从纺纱、纺织、印染、漂洗等全程监控。然而，JOCA标准由日本民间制定和执行，并不具备法律约束力，因此日本企业可在控制成本与执行标准之间进行选择，造成实际生产的产品参差不齐。
近几年来，全球纺织品认证发生了一些改变，包括JOCA和GOTS协议，全球认证标准及认证机构也在发生变化，所有公司均须按照最高认证标准。现在许多跨国公司已通过GOTS的检查和认证。
随着农业领域有机认证的不断国际化，全球对纺织业的认证标准、认证活动及认证机构也愈来愈严格。过去，日本JOCA曾多次使用自己的标准认证，由于他们并不属于第三方认证，难以获得国际认可，但JOCA仍将GOTS拒之门外。JOCA曾保证只向成员公司提交认证文件，这些公司供应链未经现场检验，因此产品是否符合标准受到国际市场的质疑。
迄今为止，GOTS认证标准已真正被日本JOCA采纳，JOCA已成为日本GOTS的官方认证商。JOCA也将向子公司提供认证标示，促进并提倡有机棉及其产品在日本市场的推广，培训并支持子公司获取GOTS认证
