在鼓励类中，电力条目将“采用 30 万千瓦及以上集中供热机组的热电联产，以及热、电、冷多联产”修改为“采用背压（抽背）型热电联产、热电冷多联产、30 万千瓦及以上热电联产机组”； 新能源条目中增加“海上风电机组技术开发与设备制造”和“海上风电场建设与设备制造”；核能条目中增加“核电站应急抢险技术和设备”等。除此之外，鼓励类中的轻工、纺织、商业服务、公共安全与应急产品等条目，也做出相应调整。
在限制类中，电力条目中删除了“直接向江河排放冷却水的火电机组”；除此之外，机械、纺织、消防等条目做出相应调整。在淘汰类中，电力条目将“以发电为主的燃油锅炉及发电机组（5万千瓦及以下） ”修改为“以发电为主的燃油锅炉及发电机组”。 除此之外，淘汰类还对石化、钢铁、轻工等条目做出调整。
修改的2011版《产业结构调整指导目录》于2013年4月发布，6月1日正式实施。国家发改委产业协调司巡视员贺燕丽曾表示，今后该目录将保持动态更新，可能每年都会进行一次调整，但调整过后不一定会以新的年份命名为“某年版”，而会在2011版的基础上进行逐条更新。
作为产业投资方面最重要的指导性文件，《产业结构调整指导目录》与信贷、融资、土地、电力等方面的优惠政策密切相关。据了解，对于鼓励类投资项目，各金融机构应按照信贷原则提供信贷支持。属于限制类的新建项目，投资管理部门不予审批、核准或备案，各金融机构不得发放贷款，土地管理、城市规划等部门不得办理有关手续。对于淘汰类项目，各金融机构应停止各种形式的授信支持，并采取措施收回已发放的贷款；各地区、各部门和有关企业要采取有力措施，按规定限期淘汰，在淘汰期限内国家价格主管部门可提高供电价格。